Le dimissioni di Silla diedero il via alla seconda fase della guerra civile, che ebbe questa volta per protagonisti Cesare e Pompeo. Nel 77 a.C. Lepido, approfittando del momentaneo vuoto di potere che si era venuto a creare, tentò un colpo di stato. Il senato per sedare la rivolta chiese l'aiuto di Pompeo. Nel frattempo Sertorio fece scoppiare una rivolta in Spagna. Pompeo ebbe presto la meglio su Lepido e nel 72 a.C. Sertorio venne ucciso dal suo luogotenente Perperna.
Nel 73 a.C. era scoppiata la terza guerra servile, capeggiata dal gladiatore Spartaco, ma Pompeo, grazie all'appoggio del ricchissimo armatore Crasso, sconfisse i ribelli e li punì con inaudita ferocia perchè la loro morte servisse d'esempio: i cadaveri degli schiavi e dei gladiatori ribelli furono appesi a pali ed alberi e dati alla fiamme come torce umane per illuminare la notte. Pompeo e Crasso, soddisfatti della reciproca intesa ed affamati entrambi di potere, voltarono le spalle al senato intraprendendo una politica decisamente filopopolare. Pompeo, per i suoi alti meriti di guerra, prese il titolo di Magnus e nel 67 a.C., per far fronte alla piaga dei pirati che infestavano la Cilicia e Creta, assunse l'imperium proconsolare sul Mediterraneo.
Nel frattempo nel 74 a.C. Licinio Lucullo aveva organizzato
una spedizione contro Mitridate che si era di nuovo ribellato a Roma. Nel 69
a.C. Lucullo occupò Tigranocerta, ma le sue truppe ben presto entrarono in
rivolta. Per porre termine alla grave situazione che si era venuta a creare,
dovette intervenire di nuovo Pompeo, che tra il 66 ed il 64 a.C. assoggettò il
Ponto, la Siria, la Cilicia ed infine la Giudea ( 63 a.C. ).