Veniamo ora alle sorti dell'impero d'Oriente, destinato a sopravvivere molto di più di quello d'Occidente, sia pure attraverso vicende alterne. Imperatore fra il 395 ed il 408 d.C. fu Arcadio, che si impegnò in ogni modo per gettare discredito sull'Occidente governato dal fratello ed insinuare sospetti su Stilicone, fino a causarne la morte. Arcadio fu succube del suo primo ministro Rufino e si volse ad una politica decisamente antigermanica. Subendo poi l'influenza dell'eunuco Eutropio, giunse ad un'intesa con i barbari e nominò il goto Gaina a capo dell'armata romana d'Oriente. Questa decisione spinse i suoi sudditi ad una rivolta contro i Goti, finchè Gaina fu costretto a fuggire ed Eutropio assunse posizioni antigermaniche.
La Chiesa d'Oriente fu spaccata in questo secolo da molteplici eresie, in primo luogo il Nestorianesimo, che sosteneva che la natura di Cristo fosse esclusivamente umana, ed il Monofisismo, che invece attribuiva a Cristo una natura esclusivamente divina. All'imperatore Teodosio II, succeduto ad Arcadio, spetta il merito della costruzione del celebre ippodromo che tanto infiammò gli animi degli abitanti di Costantinopoli, divisi nelle famose fazioni dei verdi e degli azzurri, che avevano un connotato anche politico. Inoltre Teodosio II fece edificare la chiesa di Santa Sofia, fondò l'Università di Costantinopoli e redasse un codice di leggi noto come Codex Theodosianus. I successori al trono di Teodosio II furono Leone, Zenone, Anastasio e Giustino. quest'ultimo provvide a riconciliare la Chiesa d'Oriente con quella di Roma, condannando l'eresia monofisita.