La dura sconfitta in Sicilia ebbe come risultato immediato la sollevazione degli oligarchici contro i democratici ad Atene: nel 411 a.C. la costituzione democratica fu rovesciata, i diritti politici vennero garantiti esclusivamente a 5000 cittadini abbienti ed il potere venne concentrato nelle mani di 400 cittadini - si parlò allora di Governo dei 400. La flotta, tuttavia, non accettò queste pesanti restrizioni e, dalla base navale di Samo dove si trovava, sollevò una rivolta e nominò come proprio generale Alcibiade, che fece dunque ritorno ad Atene. A Cizico, nel 410 a.C., la flotta Spartana subì una pesantissima sconfitta e fu completamente annientata. Nel frattempo ad Atene venne restaurata la democrazia, ma ben presto il popolo tornò a sospettare di Alcibiade, che fu costretto a fuggire di nuovo, riparando questa volta in Asia.
Sparta, contemporaneamente, affidò le sorti della guerra a Lisandro. Nel 406 a.C. Atene ottenne un'altra grande vittoria presso le isole Arginuse; gli strateghi vittoriosi, tuttavia, con grande cecità politica ed imprudenza da parte del governo della città, vennero messi a morte perchè accusati di non essere riusciti a raccogliere i propri naufraghi. Solo Socrate si oppose alla sciagurata decisione, invano: Atene rimase, così, totalmente priva di generali capaci. Nel 405 a.C. ad Egospotami Lisandro distrusse quasi interamente la flotta ateniese e riuscì in tal modo a paralizzare i rifornimenti per la città, bloccando il porto del Pireo. Nel 404 a.C. Atene, costretta in posizione di scacco ormai permanente, assediata e ridotta alla fame, senza più speranze di riscatto sul mare, si arrese a Sparta: le condizioni alla resa furono durissime, perchè Sparta impose la consegna di quanto rimaneva della flotta e la distruzione delle lunghe mura; Non soddisfatti, i Lacedemoni imposero ad Atene (404 - 403 a.C.) un governo oligarchico composto di trenta membri graditi a Lisandro, passati alla storia con il nome di Trenta Tiranni. La lunghissima Guerra del Peloponneso poteva dirsi conclusa, con la proclamazione di Sparta come vincitore.